Бонни и Клайд (фильм, 1967) — смотреть онлайн в хорошем качестве HD (720)

Культовый фильм о легендарных криминальных любовниках.
Лента Артура Пенна, основанная на реальной истории двух влюбленных, ставших опасными гангстерами и бросившими вызов полиции. Фильм, мгновенно сделавший Фэй Данауэй и Уоррена Битти звездами мирового масштаба, расширивший границы допустимого в кино и открывший новую эпоху в искусстве.

Сюжет

Как-то раз официантка Бонни Паркер (Фэй Данауэй) выглянула в окно и увидела, как какой-то подозрительный тип околачивается у машины ее матери. Окликнув его, девушка начала ни к чему не обязывающую беседу. Затем спустилась. Потом прогулялась с незнакомцем попить кока-колы. Потом познакомилась с ним – и узнала, что парня зовут Клайд Бэрроу (Уоррен Битти). Очень быстро прогулка для скучающей девушки оборачивается бегством из дома – пара просто угоняет первый попавшийся автомобиль и отправляется в путь, куда глаза глядят, подальше от жестокой и постоянно опекающей Бонни мамаши. Клайд учит подружку стрелять, вместе они начинают вести вольный образ жизни настоящих джентльменов удачи: гоняют по дорогам, пугают обывателей, с переменным успехом грабят банки и магазинчики на заправках. Вокруг влюбленных сколачивается целая банда – сперва к ним присоединяется сотрудник заправки, жуликоватый Мосс (Майкл Дж. Поллард), а затем брат Клайда, Бак (Джин Хэкмен) с женой Бланш (Эстель Парсонс). То, что начиналось как веселое романтическое приключение, а потом было обычным хулиганством, фоном к пылкой истории любви, превращается в настоящую напасть всей округи, банду, которая наводит ужас на обывателей и путников, убивает и грабит. И вот уже по следам банды Бонни и Клайда отправляется сыщик-рэйнджер Фрэнк Хаммер (Денвер Пайл) со своими коллегами – они должны уничтожить влюбленных, мешающих мирному течению жизни и обычному порядку вещей.

Причины посмотреть

▪ «Бонни и Клайд» стоит посмотреть хотя бы для того, чтобы знать, где находится верхняя планка мастерства в жанре гангстерского кино: по прошествии десятилетий ничего смелее, эффектнее и увлекательнее в этой сфере не появилось, зато отсылки к ленте есть едва ли не в каждой картине, действие которой развивается в Америке времен Великой Депрессии.

Интересные факты

▪ Сценарий фильма написали сотрудники журнала Esquire Роберт Бентон и Дэвид Ньюман. Они были под большим впечатлением от картин французской «новой волны» и предложили свой сюжет одному из ее лидеров Франсуа Трюффо. Но тот историей Бонни и Клайда не заинтересовался – зато предложил ее своему приятелю Уоррену Битти. Тот загорелся идеей гангстерской истории любви и убедил студию Warner Brothers вложиться в проект как в его собственный продюсерский дебют.
▪ Студия не верила в успех ленты и даже заставила Битти подписать совершенно грабительский контракт, согласно условиям которого он получал процент со сборов, пытаясь таким образом заставить продюсера и исполнителя главной роли сделать ленту более зрительской. В итоге, процент, вопреки ожиданиям, составил весьма значительную сумму – при общих прокатных сборах более чем в 50 миллионов долларов.
▪ Съемки картины проходили в Техасе – как вспоминали позднее их участники, в первую очередь, потому, что там можно было оторваться от жесткого студийного контроля, который был бы неизбежен в Калифорнии.
▪ Битти изначально не собирался играть в ленте главную мужскую роль – в образе Клайда он видел звезду авторской песни, поэта и будущего Нобелевского лауреата Боба Дилана.
▪ Для роли Бонни Фэй Данауэй радикально сбросила вес и серьезно занялась физическими упражнениями, чтобы стать максимально похожей внешне на прототип своей героини, высокую и очень худую девушку.
▪ Несмотря на успех ленты, глава студии Джек Уорнер до конца дней считал «Бонни и Клайда» провалом. Он так и не смог досмотреть картину до конца и даже настоял на ее ограниченном прокате. Что, впрочем, не повлияло ни на реакцию критиков и профессионального сообщества, ни на зрительский успех картины.

Последняя машина Бонни и Клайда

Главная » Культура » Последняя машина Бонни и Клайда, или индустрия фейков 30-х годов

Возможно, вы слышали о том, что в свое время мощи православных святых были весьма прибыльным занятием. Поговаривают, что если сложить все хранившиеся некогда по церквям и храмам останки Иоанна Крестителя, то получится, что у Предтечи было 12 голов, 7 челюстей, 4 плеча и 9 рук, несмотря на то, что согласно каноническим источникам, его вообще сожгли. И этот святой – далеко не единственный, которому случилось оказаться таким многоликим. А про центнеры гвоздей с креста, на котором был распят Христос, и говорить нечего.

Примерно та же история произошла и с последним автомобилем одной из самых знаменитых криминальных парочек в мире – той самой, что вдохновила великого Оливера Стоуна и не менее великого Квентина Тарантино на роскошных «Прирожденных убийц». Можно очень долго спорить и рассуждать о том, насколько идеологи массовой культуры повлияли на формирование образов Бонни Паркер и Клайда Бэрроу, но не приходится сомневаться в том, что это были преступники: молодые, дерзкие и глубоко несчастные.

И не было в их жизни, по большому счету, ни капли той романтики, того пафосного бунтарства и того отчаянного вызова осточертевшим ценностям закоснелого общества, которые так изящно преподнесли зрителям два титана современного Голливуда и неисчислимые толпы деятелей индустрии развлечений до них. Были убийства и ограбления, были попытки спастись от Великой депрессии, были отчаяние, ужас и жизнь в постоянных бегах – и была закономерная смерть.

23 мая 1934 года вооруженные до зубов техасские рейнджеры подстерегли Бонни и Клайда на одной из сельских дорог в Луизиане и просто расстреляли из засады, не дав даже выйти из машины. Их буквально нафаршировали свинцом: позже эксперты насчитают на машине более 150 пулевых отверстий. А архивисты ФБР скажут, что они умерли так же, как и жили – в граде пуль.

Последним пристанищем для знаменитой парочки стал серый Ford (по некоторым данным, это был 730 Deluxe Sedan) того же 1934 года. Само собой, они его не покупали: примерно за месяц до гибели Бонни и Клайд угнали седан с 85-сильным восьмицилиндровым мотором у жительницы Канзаса Рут Уоррен. Известно, что в марте 1934 года Рут выложила за него 835 долларов, в апреле уже лишилась машины, а вернуть собственность ей удалось только через суд: на автомобиль пытался наложить лапу один из участников охоты на «банду Бэрроу» шериф Хендерсон Джордан, который на голубом глазу запросил у хозяйки 15 тысяч отступного.

Правда, представлял «Форд» собой по понятным причинам просто груду железа. Но, как оказалось, Уоррен судилась с шерифом отнюдь не зря: расстрелянный Ford благодаря невообразимой известности тех, кто в нем погиб, сам превратился в одну из национальных достопримечательностей. Сомнительная, но оглушительная слава Бонни и Клайда, следовавшая за ними благодаря журналистам на протяжении всех лет их «гастролей» и только усилившаяся после их гибели под свинцовым дождем, надолго обеспечила Рут Уоррен источником безбедного существования.

Уже догадались? Да, именно так. Превращенный в решето Ford V8 стал звездой шоу-бизнеса. За неимением в 30-е и 40-е годы этих ваших интернетов и аймаксов селяне Луизианы, Канзаса, Техаса и прочих окрестных штатов валом валили на местные ярмарки, чтобы посмотреть на машину, в которой погибла самая известная гангстерская парочка. Какие при этом шли между фермерами разговоры, остается только догадываться, но свои честные центы они оставляли в кассе безропотно. А за 1 доллар в машине можно было даже посидеть.

В 1945 году владельцем «машины смерти», как ее тогда называли, становится антрепренер Чарльз Стэнли, владелец чего-то среднего между передвижным цирком, ярмарочным шоу и выставкой. Выложил он за Death Car чудовищную по тем временам сумму в 3 500 долларов, но успешно эксплуатировал его практически 15 лет. Печально знаменитый Ford V8 еще не раз менял владельцев, ценник все увеличивался… Однажды за него выложили почти миллион долларов, если мерить современными деньгами.

И само собой такой известностью машины не могли не воспользоваться разные проходимцы. «Форд» этой модели был весьма распространенным автомобилем, а сделать из любого такого седана «расстрелянный полицией автомобиль, в котором трагически погибли два любящих друг друга, но однажды оступившихся сердца» – что может быть проще? Тем более, что газетчики отнюдь не скупились на фотографии, с которых запросто можно было срисовать расположение пулевых пробоин.

Поговаривают, что в разное время по Штатам путешествовали минимум до пяти «оригинальных» машин Бонни и Клайда – и это только те, о которых мы знаем. А Теду Тодди, который выкупил настоящий «Форд» у Чарльза Стенли, однажды даже пришлось доказывать в суде, что именно он является обладателем единственного и неповторимого Death Car, а его оппонент, некий Джонни Портемонт – выжига, лжец и обманщик, бессовестно наживающийся на доверчивых американцах. Суд он, к слову, выиграл, но это был далеко не первый случай: появление фейковых Ford Deluxe 1934 года с множеством пробоин фиксировалось еще в конце 30-х годов.

И те, которые дожили до наших времен, тоже стали своего рода достопримечательностями – именно потому, что служили подделками и просто играли роль. Одну из таких подделок студия Warner Bros в конце 60-х даже задействовала в съемках оскароносной ленты «Бонни и Клайд» с Уорреном Битти и Фэй Данауэй. Увидеть ее можно в автомобильном музее Volo неподалеку от Чикаго, который славится в том числе и отдельной экспозицией машин, имевших отношение к «фабрике грез».

А что же подлинный, оригинальный и настоящий Death Car? И он до сих пор жив. Более того, не похоронен в частной коллекции какого-нибудь любителя криминальных редкостей, а выставлен на всеобщее обозрение. Его владельцы – хозяева одного из казино в Неваде. И они особо гордятся тем, что в их коллекции имеется еще и рубашка Клайда Бэрроу, которая была на гангстере в момент гибели. История же Бонни и Клайда продолжает вдохновлять киношников: в нынешнем году про предводителя охоты на Паркер и Бэрроу сняли самостоятельный фильм, главную роль в котором сыграл Кевин Костнер, а роль его напарника исполняет Вуди Харрельсон – звезда тех самых «Прирожденных убийц».

Бонни и Клайд — ЖЖивой Гомер — ЖЖ

«И если когда-то
погибнуть придется,
Лежать нам, конечно,
в могиле одной.
И мать будет плакать,
а гады смеяться.
Для Бонни и Клайда
наступит покой.»

Бонни Паркер

История Бонни и Клайда — это история убийств, ограблений и любви. Они преуспевали в грабежах, но еще больше они преуспели в саморекламе. Людская молва их превозносила до небес, особенно после смерти. После знаменитой засады, когда рассеялся дым от выстрелов, в телах Бонни и Клайда насчитали не меньше 50 пулевых отверстий. Полиция так боялась парочку, что даже не предложила ей сдаться. На их похороны пришло около 20 тысяч человек.

 Интересные факты:

Бонни Паркер делала успехи в школе, особенно преуспев в литературе. В возрасте 15 лет она вышла замуж. Через год начались проблемы и в итоге Бонни расталась со своим мужем. Но они официально не развелись и девушка до самой смерти носила обручальное кольцо.
***
Клайд Барроу в 16 лет бросил школу. Вместе с братом Баком начинал с мелких грабежей.
***
Однажды в конце 1929 года произошла их встреча. Маленькая рыжеволосая девушка поразила Клайда с первого взгляда. И когда Клайда арестовывают за вооруженный налет, Бонни помогает ему бежать из тюрьмы, передав во время свидания оружие. Через неделю полиция снова схватила Клайда, а суд «впарил» ему 14 лет тюрьмы. В знак протеста Клайд отрубает себе два пальца на ноге, но это не помогает. Тогда, напротив, он превращается в образцового заключенного и в 1932 году зарабатывает условно-досрочное освобождение.
***
Клайд продолжил мелкие ограбления. Но однажды продавец отказался открыть кассу, оказал сопротивление, и его пришлось застрелить. Это было первое убийство Клайда Барроу. Он перестал чего-либо бояться, поскольку смертную казнь в случае поимки уже заработал.
***
Вскоре Бонни научилась стрелять, проявив настоящую страсть к огнестрельному оружию. Их машина превратилась в отличный арсенал: несколько автоматов, винтовок и охотничьих ружей, дюжина револьверов и пистолетов, тысячи патронов. С помощью Бонни Клайд овладевает искусством в считанные секунды выхватывать винтовку из специально вшитого вдоль ноги кармана. Такого рода виртуозность очень развлекает обоих. Они вырабатывают собственный элегантный стиль убийств. Оба
с одинаковой меткостью стреляли почти из всех видов оружия.
***
Со временем Бонни и Клайд стали «работать» вместе. Бонни садилась за руль автомобиля, и они подъезжали к намеченному объекту. Клайд врывался в помещение и «брал кассу», затем мчался к автомобилю, вскакивал в него на ходу и прикрывал бегство огнем. Рискованные приключения возбуждали Бонни Паркер гораздо больше, чем интимные встречи с Клайдом: тот стал
гомосексуалистом еще в исправительной школе. Бонни довольствовалась любовными связями с другими членами банды.
***
Они ограбили склад с оружием в Техасе и вооружились до зубов, а потом расстреляли дюжину конных полицейских, которые блокировали дороги. Налетчики разоряли винные магазины, бензоколонки и бакалейные лавки иногда всего лишь ради
нескольких долларов. Однажды преступники похитили шерифа, раздели и, связав, бросили на обочине со словами: «Скажи своим людям, что мы не банда убийц. Войди в положение людей, пытающихся пережить эту проклятую депрессию».
***
Кочуя, они жили как разбойники в старые времена: спали у лагерных костров, питались дичью. По ночам напивались виски, и Бонни писала напыщенные романтические стихи, в которых оплакивала свою судьбу. Преследуемые законом, в действительности они были новым поколением героев — так преподносила свои «подвиги» несостоявшаяся поэтесса.
***
Осенью 1932 года Бонни и Клайд направились в штат Нью-Мексико с присоединившимся к ним наемным убийцей Роем Гамильтоном. Но нажива показалась им не такой большой, как в Техасе, и они вернулись назад. Гамильтон был таким же развращенным типом, как и дуэт, к которому он присоединился. Он регулярно спал с Бонни… и с Клайдом. Такой сексуальный
треугольник устраивал всех троих.

***
В Канзасе они обобрали офис ссудно-кредитного общества. Там Бонни впервые увидела плакат «Разыскивается полицией» со своим изображением. Тот факт, что они с Клайдом стали «знаменитостями», потряс Бонни настолько, что она тут же отправила в крупные газеты дюжину писем со снимками, которые они с Клайдом делали на своем криминальном пути. Бонни всеми доступными ей средствами подкрепляла версию о том, что они с Клайдом — борцы за справедливость. Ведь банки, которые они грабят, принадлежат власть имущим, а не бедным фермерам и мелким бизнесменам. Бонни, конечно, не упоминала о том патологическом удовольствии, которое оба получали от убийств.
***
Джонс первым из их банды пресытился этой жизнью и сбежал от своих сообщников в Техас, где был тут же арестован. Полиции он рассказал все, что знал о действиях банды. «Эти двое — чудовища, заявил беглец. — Я никогда не видел кого-либо еще, кто бы так наслаждался убийствами».
***
 Глава ФБР Эдгар Гувер заявил: «Клайд — психопат. Его нужно уничтожить как взбесившееся животное». Даже другие гангстеры решили, что банде Бэрроу нет места среди них. Чарльз Артур Флойд — гангстер по прозвищу «Красавчик» — был вне себя, узнав, что дьявольская парочка объявилась на территории, которую он контролировал. «Не давайте им еды и не предоставляйте убежище, — приказал он своим дружкам по преступному миру. — Если можете, выведите на них полицию. Они паразиты и не могут иметь ничего общего с нашими людьми».
***
В январе 1934 года Клайд предпринял дерзкое нападение на тюремную ферму, освободив своего сообщника и еще нескольких заключенных. В конце февраля Клайд убивает двоих полицейских, в апреле еще одного. Таким образом, общее число его жертв приблизилось к полутора десяткам.
***
В мае того же года, после многих неудач, шерифу Фрэнку Хеймеру, поклявшемуся найти и обезвредить Бонни и Клайда, удалось организовать засаду на проселочной дороге. 22 мая 1934 года «форд» Клайда и Бонни был расстрелян из засады шестью полицейскими. 167 пуль прошили машину, из них 50 попали в бандитов.
***
Первые страницы американских газет запестрели сообщениями о смерти Бонни и Клайда. Изуродованные тела преступников были выставлены на всеобщее обозрение в морге, и желающие за один доллар могли посмотреть на них. Любопытных оказалось довольно много.
***
Десять лет спустя был схвачен и приговорен к смертной казни Рой Гамильтон — сообщник Бонни и Клайда. Перед смертью он вспоминал: «Они любили убивать людей, видеть, как течет кровь, и получали удовольствие от этого зрелища. И никогда не упускали возможности насладиться видом чужой смерти. Эти люди не знали, что такое жалость и сострадание».

Это были самые везучие убийцы в истории.

Перед техасским шерифом Фрэнком Хамером, обезвредившим за время своей карьеры 65 известных преступников, была поставлена задача: выследить Бонни и Клайда. Хамер проанализировал каждое их нападение, создал карты и схемы их передвижений за все эти годы, изучил все места налетов и пути, которые они выбирали. «Я хотел проникнуть в их дьявольские замыслы, говорил он, — и я это сделал». Несколько раз в течение первых месяцев 1934 года Хамер и его люди шли по следу бандитов. Но полицейским постоянно не везло — они все время опаздывали.
 В апреле остатки преступной группы направились в Техас, надеясь спокойно отсидеться у родственников Бонни. Но когда они приближались к городу Грейнвин, мимо проехали на мотоциклах полицейские Эрнест Уилер и Гарольд Мерфи. Почувствовав неладное, Клайд остановил машину. Полицейские, у которых возникли подозрения, повернули назад. Когда они поравнялись, Клайд выстрелил сразу из двух стволов. Преступникам снова удалось бежать.
 Две недели спустя в Оклахоме, когда автомобиль Клайда завяз в грязи, к ним подошли двое «копов». Один из них получил пулю в голову, второй оказался более везучим — был легко ранен.
 Полиция обнаружила дом, где время от времени скрывались преступники. Нужен был ключ от двери, который мог оказаться у третьего члена банды — Метвина. Его отец обещал помочь заманить банду в засаду, если Хамер пощадит сына. Шериф, который был заинтересован прежде всего в поимке Бонни и Клайда, пошел на это. Генри Метвин согласился действовать заодно с отцом и незаметно выскользнул из бандитского логова.
Вскоре полицейские окружили убежище и блокировали дорогу, ведущую к нему. Они были вооружены пулеметами, автоматическими винтовками, большим количеством гранат со слезоточивым газом. На этот раз у полиции были все
шансы настичь преступников.
Утром 23 мая 1934 года на дороге появился «форд», который парочка угнала неделю назад. Вел машину Клайд. На нем были темные очки, защищавшие от яркого весеннего солнца. Рядом с Клайдом сидела его неразлучная спутница в новом красном платье, украденном вместе с другами вещами несколько недель назад. В машине были припрятаны две тысячи патронов, три
винтовки, двенадцать пистолетов и два газовых ружья.

Но на этот раз надеяться им было не на что. Свинцовый град обрушился на их машину. Более пятидесяти пуль вонзилось в тела гангстеров, и они были буквально разорваны на части, а полицейские продолжали поливать изрешеченный «форд» смертоносным огнем…

http://www.kalitva.ru/2007/06/22/bonni_i_klajjd_znamenitykh_gangsterov_ne_zabyvajut.html
http://amstd.spb.ru/1920s/bk.htm
http://www.portalus.ru/modules/different/print.php?subaction=showfull&id=1097411832&archive=&start_from=&ucat=13&
 

Читать онлайн «Бонни и Клайд» автора Хиршфелд Берт — RuLit

Берт Хиршфелд

Бонни и Клайд

Времена были тяжелые. Великую державу охватила депрессия, которая сеяла горе и калечила жизни. Фабрики и заводы закрывались. Бизнес влачил жалкое существование. Те, кого увольняли, и не мечтали заново отыскать работу. Мелкие фермы попадали в руки банкиров, и бывших хозяев выгоняли с земли. Ветераны войны продавали яблоки на перекрестках и стояли в очередях за супом в бесплатных столовых. Холеные и красноречивые политические деятели говорили, что до процветания рукой подать, что счастье за углом. Но мало кто имел возможность завернуть за этот угол.

Гнев и отчаяние нарастали. Женщины, выплакав все слезы, не знали, чем накормить детей и как утолить голод мужей. Одни семьи двигались на запад, уложив нехитрые пожитки в багажник старых машин. Другие распадались, причем чаще навсегда. Молодые люди пускались в авантюры, пытаясь взять от жизни, что только возможно. Шел жестокий 1932 год.

Юго-западные штаты жарились под раскаленным солнцем. Время текло еле-еле. Жизненные соки останавливались.

В Западном Далласе, штат Техас, стояла гнетущая липкая жара. Воздух словно застыл, все погрузилось в спячку до самого горизонта, и у Бонни Паркер было похоронное настроение, тем более что мимо ее дома к кладбищу совсем недавно проследовала похоронная процессия.

Западный Даллас был явно обречен, и Бонни Паркер хотелось кричать в знак протеста.

Это было нечестно. Бонни была молода и хороша собой. Ее душа и тело жаждали приключений. Где-то далеко от Западного Далласа, далеко от старого каркасного дома ее матери, наверное, существовала яркая, бурная жизнь, где девушке с ее задатками было чем заняться. Но как, вопрошала она сама себя, — как найти этот мир, как занять подобающее в нем место? Она должна найти туда дорогу!

Она быстро окинула взглядом своих бледно-голубых глаз маленькую спальню на втором этаже. Комната была убогой, хотя Бонни попыталась заглушить невзрачность новыми шторами и набором фарфоровых фигурок на комоде. Она вздохнула, смахнула бусинку пота с верхней губы и уставилась на себя в большое зеркало.

Нагая фигура, отразившаяся в нем, вызвала у Бонни чувство глубокого удовлетворения. Есть формы, но есть и стройность. Кожа гладкая и упругая. Грудь крепкая и высокая. Короче, ни одна девушка не удостаивалась таких взглядов местных молодых людей, как Бонни Паркер. И мужчин постарше тоже, и тех, кто был давно женат. Легкая улыбка тронула сложенные бантиком губы. Бонни ценила молодых отчаянных парней с плоскими животами и железными мускулами. Очень даже ценила.

Тут ее охватило отвращение, и она отвернулась от зеркала. Ох уж эти мужчины из Западного Далласа! Черт бы побрал их вялость, мягкотелость, покорность судьбе. Выйти за кого-то из них замуж, нарожать кучу ребятишек и состариться раньше времени? Превратиться в копию своей матери? Никогда не улыбающейся, уже изможденной, не знающей в жизни радости, не получающей ни от чего удовольствия? Благодарю покорно! Увольте!

Бонни упала на кровать и яростно замолотила кулачками по подушке. Нет! Так жить нельзя. Должна быть другая, яркая, веселая, зажигательная жизнь. Бонни перевернулась на спину, отчего грудки сделались плоскими, живот чуть приподнялся, под бледной кожей очертились ребра. Она, прищурившись, глядела на изголовье кровати, прутья которой так напоминали клетку!

Бонни ударила по прутьям кулаком. Еще раз, сильнее. Ее пронзила острая боль, и Бонни села на кровати, тихо выругавшись. Нет, надо что-то делать, внушала она себе. Надо как-то убираться отсюда. Из этого противного дома, из Западного Далласа, из этой никчемной жизни. Она встала и голой, бесцельно пройдясь по комнате, подошла к окну и выглянула из него.

Все то же самое. Все то же безоблачное раскаленное небо. Все та же пыльная пустая улица. Все те же пыльные белые домишки! Поначалу она не обратила внимания, что к машине ее матери тихо подошел человек в темном костюме. Машина стояла у самого дома. Когда же Бонни наконец увидела его, то поначалу не проявила к нему никакого интереса. Пиджак широковат в плечах, сидит мешком, брюки мятые, в пыли. Широкополая шляпа не позволяла разглядеть лица.

Интересно, размышляла Бонни, а что он подумает, если поднимет голову и увидит ее в окне в чем мать родила? Вот, небось, удивится. Вот уж потом будет рассказывать приятелям!

Вдруг Бонни нахмурилась. А что собственно он делает около материнской машины? Он сунул голову в открытое окно, а Бонни вспомнила, что ключи были оставлены в зажигании. Ее вдруг охватило неприятное предчувствие.

Человек между тем выпрямился и посмотрел по сторонам. Тут Бонни осенило: он же решил украсть машину! Он протянул руку к дверной рукоятке, а Бонни, набрав в легкие побольше воздуха, крикнула:

Арсенал оружия Бонни и Клайда

Дульнозарядное оружие, пистолеты и револьверы, винтовки и автоматические винтовки, станковые пулемёты, ручные пулемёты, пистолеты-пулемёты, противотанковые ружья и комплексы, гранатомёты. Оружие рыцарей и мушкетеров, воинов османской империи и колониальных армий, оружие первой и второй мировых войн, оружие шпионов и «роковых» женщин — все это уникальная коллекция музея при спортивно-патриотическом клубе «Архангел Михаил».

А мы представляем вашему вниманию серию видеосюжетов «Оружие. Интересные факты». Рассказывает Николай Соболев — эксперт по историческому оружию.

Арсенал оружия Бонни и Клайда

{«kind»:»youtube#videoListResponse»,»etag»:»2oPZEGSjX8TYpAP82-g9O9sa4Yg»,»items»:[{«kind»:»youtube#video»,»etag»:»zI4Y26FiYCsCX2VHfdcJ-sDV95k»,»id»:»d86Vd-6Pl8g»,»snippet»:{«publishedAt»:»2018-03-13T13:30:44Z»,»channelId»:»UC3Jzk8Hz3hGHNLDVrSibheA»,»title»:»\u0410\u043c\u0435\u0440\u0438\u043a\u0430\u043d\u0441\u043a\u0430\u044f \u0438\u0441\u0442\u043e\u0440\u0438\u044f. \u0411\u043e\u043d\u043d\u0438 \u0438 \u041a\u043b\u0430\u0438\u0306\u0434″,»description»:»»,»thumbnails»:{«default»:{«url»:»https:\/\/i.ytimg.com\/vi\/d86Vd-6Pl8g\/default.jpg»,»width»:120,»height»:90},»medium»:{«url»:»https:\/\/i.ytimg.com\/vi\/d86Vd-6Pl8g\/mqdefault.jpg»,»width»:320,»height»:180},»high»:{«url»:»https:\/\/i.ytimg.com\/vi\/d86Vd-6Pl8g\/hqdefault. jpg»,»width»:480,»height»:360},»standard»:{«url»:»https:\/\/i.ytimg.com\/vi\/d86Vd-6Pl8g\/sddefault.jpg»,»width»:640,»height»:480},»maxres»:{«url»:»https:\/\/i.ytimg.com\/vi\/d86Vd-6Pl8g\/maxresdefault.jpg»,»width»:1280,»height»:720}},»channelTitle»:»Uralweb.ru»,»categoryId»:»22″,»liveBroadcastContent»:»none»,»localized»:{«title»:»\u0410\u043c\u0435\u0440\u0438\u043a\u0430\u043d\u0441\u043a\u0430\u044f \u0438\u0441\u0442\u043e\u0440\u0438\u044f. \u0411\u043e\u043d\u043d\u0438 \u0438 \u041a\u043b\u0430\u0438\u0306\u0434″,»description»:»»}},»contentDetails»:{«duration»:»PT11M16S»,»dimension»:»2d»,»definition»:»hd»,»caption»:»false»,»licensedContent»:true,»contentRating»:[],»projection»:»rectangular»}}],»pageInfo»:{«totalResults»:1,»resultsPerPage»:1}}

Uralweb

466 просмотров

7 самых криминальных пар в истории

Люди встречаются, люди влюбляются, женятся… Большинство — чтобы жить дружно и счастливо, некоторые — чтобы творить противозаконные дела.  

Все знают о Бонни и Клайде. Но в истории были и другие криминальные пары, которые прославились жестокими убийствами и зверствами. Что же объединяло их? Что заставляло совершать совместные преступления? Неужели любовь?

Бонни Паркер и Клайд Бэрроу

Начнем с них. И поверьте, это будет самая безобидная история в сегодняшней подборке.

Имена Бонни и Клайда стали для многих символами настоящей любви и преступной романтики. Про них снимали фильмы, их воспевали в песнях. Казалось трогательным, что Бонни везде следовала за любимым, разделяла его интересы, грабила банки и помогала бедным. Да и вообще жили они недолго, но счастливо и умерли в один день.

Красиво звучит, не спорю. Но если отбросить розовую ванильную шелуху, что останется от этой любви?

До знакомства с Клайдом Бонни успела побывать замужем. В 15 лет она впервые влюбилась и вместе с будущим мужем бросила школу. Однако семейное счастье не заладилось: девушка вернулась к родителям и устроилась работать официанткой. Размеренную жизнь прервала новая любовь — она познакомилась с типичным “плохим парнем” Клайдом, который давно свернул на кривую дорожку и успел отсидеть в тюрьме. И вновь опрометчивый шаг, и вновь импульсивное решение: Бонни оставила работу и присоединилась к банде Клайда.

Дальше мы все знаем: банда колесила по Америке, грабила магазины и банки. Бонни сделала все, чтобы о них с Клайдом заговорили. Она дразнила полицейских, снимаясь с оружием на фоне машин и оставляя эти фото на месте преступлений. Сочиняла легенды о себе и активно распространяла их. Писала стихи и воспевала в них свою жизнь:

“Нынче Бонни и Клайд — знаменитый дуэт,

Все газеты о них трубят.

После их работы свидетелей нет,

Остается лишь смерти смрад.

Но немало звучит о них лживых слов,

И жестоки они не так.

Ненавидят они стукачей и лгунов,

А закон — их смертельный враг…”

Я думаю, этой бунтарке банально не хватало в жизни острых ощущений. Она буквально упивалась воровской романтикой и любила чувствовать себя в центре внимания. 

Но была ли в этой паре любовь? Очевидцы вспоминают, что Клайд после перенесенного насилия вообще был равнодушен к женщинам — с Бонни они сошлись на основе общих интересов и любви к авантюрам. Скорее это были два напарника, два верных товарища, стоящие горой друг за друга.

Но людям свойственно верить в любовь. Поэтому Бонни и Клайд навсегда останутся самой романтичной криминальной парой в истории.

Раймонд Фернандес и Марта Бек

Эти милые толстячки — известные серийные преступники, известные под именем Убийц одиноких сердец.

Раймонд и Марта познакомились случайно. Он вышел из тюрьмы и судорожно соображал, чем теперь зарабатывать на жизнь. Разумеется, не работать — скажете тоже! Не для того мама цветочек растила. Раймонд решил жить за счет слабых — одиноких женщин. 

“Тиндера” в сороковых годах не было — Фернандес изучал брачные объявления в журнале “Клуб одиноких сердец матушки Денен”. Он знакомился с женщинами, втирался в доверие, а потом обворовывал их. Все шло гладко, но однажды Раймонд встретил Марту. Пазл сошелся, горшочек нашел крышечку. Дама оказалась еще более беспринципной, чем аферист.

Марта согласилась помогать Фернандесу в его делишках. Видимо, она действительно полюбила горячего испанца — так, что даже отдала двоих своих детей в приют Армии Спасения, только бы быть с ним.

Представляясь братом и сестрой, парочка продолжала охмурять наивных женщин. Но вскоре Марта начала ревновать — невыносимо было ей смотреть, как любимый обхаживает других. Одна из таких вспышек ревности закончилась убийством — Марта ударила молотком по голове одну из соперниц. Фернандес закончил начатое — задушил свою жертву.

После такого остановиться было уже невозможно. Гражданские супруги совершили несколько убийств по аналогичной схеме. Последнее убийство было двойным — вместе с очередной жертвой брачного афериста под раздачу попала ее двухлетняя дочь. Она сильно мешала Марте своим плачем и была утоплена в бочке с водой.

Бдительные соседи были обеспокоены исчезновением женщины с ребенком и обратились в полицию. Раймонда и Марту нашли быстро. Им предъявили обвинение в 20 убийствах, но признались они только в трех. В 1951 году оба сели на электрический стул.

Как гласит история, оба оставались верными своим чувствам до конца. “Я хочу кричать об этом; я люблю Марту! Что общественность знает о любви?” — заявлял Раймонд перед казнью. 

“Моя история — это история любви. Только те, кто измучены любовью, знают, о чем я”, — говорила Марта. Но разве чувство, которое приносит мучения, можно назвать любовью? 

Дэвид и Кэтрин Берни

Лица этих двоих мало ассоциируются со светлыми чувствами. И тем не менее в этой истории тоже замешана любовь-злодейка. Или не любовь — решайте сами.

Дэвид и Кэтрин познакомились еще будучи подростками. Девушку не испугала психическая нестабильность избранника — тот с детства отличался немотивированной жестокостью и сексуальными девиациями. Поскольку подобное тянется к подобному, делаем вывод, что и у нее самой имелись похожие склонности. Что и показало время.  

А ведь у Кэт был шанс! Когда Дэвида посадили, она сошлась с хорошим парнем и родила ему шесть детей. А потом — роковая встреча, воспоминания — все завертелось снова. Кэтрин ушла от мужа и стала жить со своей старой любовью.

“Любовь” к тому времени превратилась в законченного психопата. В голове у него вовсю зрел замысел первого убийства. Кэтрин, эмоционально зависимая от мужа, согласилась ему помогать.

Первое убийство произошло в октябре 1986 года. Берни заманил в собственную квартиру 22-летнюю девушку и три дня издевался над ней. Затем супруги вывезли несчастную в парк и убили ее. В течение следующего месяца супруги совершили еще 4 убийства, и каждый раз Кэтрин помогала мужу. 

На третьем убийстве женщина превратилась из сообщницы в настоящую убийцу. Дело в том, что Дэвид начал испытывать какое-то подобие чувств к своей жертве (да, и у зверей бывают привязанности) и решил не убивать ее. Кэтрин поняла это и поставила перед муженьком ультиматум: или тот убивает девушку, или Кэтрин совершает самоубийство. Тому ничего не оставалось, как расправиться и с этой жертвой.

Кровавый марафон длился около месяца и закончился побегом очередной похищенной. 17-летняя голая девчушка сбежала из чертовой квартиры через окно и кинулась к людям с просьбой о помощи. Парочку быстро поймали и дали аж по четыре пожизненных срока. 

Дэвид повесился в своей камере в 2005 году. Кэтрин жива до сих пор. В 2010 году ее могли освободить досрочно, но генеральный прокурор Западной Австралии лично воспротивилась этому. В деле Кэтрин черным по белому написано: “не освобождать никогда”. 

Пол Бернардо и Карла Хомолка

А вот эти двое — просто пупсики! Красивые, улыбчивые — никогда и не подумаешь, что молодые люди на этой фотографии еще до свадьбы отправили на тот свет двух девушек. Одна из них была родной сестрой счастливой новобрачной.

Канадец Пол Бернардо был классическим абьюзером. Он полностью подчинил невесту своей воле, бил и издевался над ней. Сломленная девушка и не подумала бежать из этих отношений — напротив, с радостью приняла предложение Пола стать его женой.

Получив согласие на брак, счастливый жених распоясался окончательно. Ему давно нравилась 15-летняя сестра Карлы. Нимало не стесняясь, он рассказал своей невесте, что хочет переспать с подростком. Та не только не заявила в полицию, но и стала активно помогать любимому. Снова любовь?

В рождественскую ночь 1990 года Карла лично напоила сестру алкоголем, в который было подмешано снотворное. Когда девчонка отрубилась, на сцену вышел Пол и сделал свое дело, сняв все на камеру. Прямо во сне девушка задохнулась, но подонкам все сошло с рук. 

Второе убийство произошло за две недели до свадьбы наших красавцев. И вновь несовершеннолетняя девочка — старина Пол оказался педофилом. Жених и невеста похитили 14-летнюю Лесли, после чего Пол в течение суток издевался над ней. А потом задушил, расчленил и выбросил останки в местное озеро. Карла присутствовала при издевательствах и в перерывах утешала девочку — давала ей плюшевого мишку. Какая трогательная забота! 

Нервы Карлы не выдержали после третьего убийства. На этот раз жертвой стала 15-летняя Кристин. Карла взяла у мужа шесть видеокассет, на которые он запечатлевал все свои “подвиги”, и отправилась в полицию. Полу дали пожизненное, а его жену осудили всего на 12 лет — видимо, за активную помощь следствию. 

Убийца вышла из тюрьмы еще в начале двухтысячных. Долгое время она скрывалась от журналистов, но тем все же удалось раскопать, что Карла живет на Гватемале с мужем и тремя детьми. По последним сведениям, она устроилась работать волонтером в школу. Родители детей были резко против, но руководство школы заверило, что Карла никогда не остается с детьми наедине. 

Сьюзан и Джеймс Карсон

Эти ребята были идейными. Убивали не всех подряд, не ради удовольствия. Они объявили себя ни много ни мало современными охотниками на ведьм.

Сьюзан и Джеймс познакомились в 1977 году. Поначалу ничто не предвещало — обычные люди, не самые молодые. У женщины за плечами был неудачный брак, после которого осталось двое детей. Джеймс тоже был разведен — жена сама ушла от него, не вынеся жестокого обращения. Но Сьюзан это не смутило — уж она-то сделает мужа самым счастливым на свете! 

И, в общем-то, сделала. Вообще в этой паре жена была главной. Именно она подбила мужа “избавлять мир от колдовства”. А именно — выискивать среди людей ведьм и убивать их.

Критерии, по которым супруги вычисляли “ведьм”, были просты — от них якобы исходила “злобная энергия”. Первый раз такую энергию они почуяли от своей соседки. Женщина получила удар сковородкой по голове и 10 ножевых ранений. Потом “ведьмы” стали попадаться все чаще и чаще. Возможно, все дело было в галлюцинациях от марихуаны, которую нежно любили оба супруга. 

Сьюзан и Джеймс вели строгий учет: составляли списки потенциальных ведьм и колдунов. В этом списке значился президент США Рональд Рейган и другие знаменитости.

До того, как их поймали, супруги успели убить троих человек. Их приговорили к пожизненному заключению, которое пара отбывает до сих пор.  

Фэй и Рэй Копленд

Какие трогательные старички — уж они-то наверняка любили друг друга, подумает впечатлительный читатель и будет не прав.

Рэй и Фэй поженились в 1940 году и всю жизнь прожили вместе на ранчо в штате Миссури. У них было пятеро детей. Среди соседей Рэй имел репутацию мошенника и бандита, поэтому с ним предпочитали не связываться. Но кто бы мог подумать, что эту благообразную старушку не только не смущает уголовное прошлое мужа — она сама помогала ему в убийствах! Вместе пожилые супруги совершили несколько преступлений.

Все вскрылось случайно: один из работников Коплендов обнаружил на ранчо человеческие кости и помчался в полицию. Те сначала отнеслись с недоверием, но после того как узнали о судимостях хозяина фермы, нагрянули с обыском. И точно — на участке были найдены кости, а в сарае — останки троих молодых людей, убитых огнестрельным оружием.

Выяснилось, что Копленд нанимал в качестве работников бродяг — людей, за которых никто не заступится. Когда из несчастного выжимали все соки, Рэй просто убивал его выстрелом в затылок. 

Когда машина следствия завертелась, Фэй попыталась предстать перед судом в образе порядочной матери семейства, которая ничего не знала о делишках мужа и сама страдала от его жестокого обращения. Однако обоих супругов обвинили в пяти убийствах. У Фэй нашли список имен убитых бродяг, напротив каждого имени стоял крестик.

76-летнего Рэя и 69-летнюю Фей приговорили к смертной казни. Услышав это, прямо на суде женщина разрыдалась в голос. Рэй же сухо сказал: “Ну, знаете ли, такие вещи случаются с некоторыми”. Милый старичок, сочувствующий.

В итоге Рэй не дожил до своей смертельной инъекции — умер в камере в ожидании смерти, а Фэй заменили наказание на пожизненный срок. В 2002 году, уже после инсульта, она попросила об условном освобождении, чтобы умереть не в стенах тюрьмы. Просьбу Фэй уважили, и в 2003-м она тихо скончалась в доме престарелых. Присутствовали ли на похоронах ее пятеро детей и 17 внуков, не сообщается.

Чарльз Старквезер и Кэрил Энн Фьюгейт

Любовь зла — полюбишь и козла, часто повторяют обиженные дамы. По-моему, лучше полюбить троих безобидных козлов, чем одного натурального отморозка.

А Кэрил полюбила. Ей было 14, когда она встретила Чарли — 18-летнего оболтуса с повадками жестокого зверя. У парня не было авторитетов, не было принципов — он просто делал, что хотел.

В 14 лет такое поведение может показаться вдохновляющим. Кэрил восхищалась образом жизни своего бойфренда. Да и он, похоже, первый раз испытал человеческие чувства — баловал свою подругу, ради нее устроился на работу грузчиком. Но быстро понял, что много денег таким образом не заработать. А потому совершил первое серьезное преступление — ограбил и убил человека. Кэрил все знала и, как всегда, оправдала своего любимого.

А что же родители? Разумеется, были против такого знакомства, но кто же их послушает? 21 января 1958 года Чарльз приехал к подруге домой, но ее мать устроила скандал, велев парню убираться. Ох, зря она это!

К тому времени из школы вернулась Кэрил, вышел отчим девочки, и скандал перешел в масштабную драку. Отморозок схватил ружье и застрелил обоих родителей. А потом и двухлетнюю сестренку Кэрил — просто так, чтобы не мешалась под ногами.

Дальше — больше. Держитесь, это будет жестко. Парочка занялась сексом (выброс адреналина, ага), повесила на дверь записку “Держитесь подальше. В доме эпидемия гриппа” и спокойно жила целую неделю в одном доме с трупами.

Спустя несколько дней родственники и коллеги убитых заволновались. Кэрил врала, отвечая, что все хорошо — просто болеют. Но даже до таких твердолобых дошло, что надо убегать — иначе посадят.

Дальнейшее путешествие юной пары можно описать так: море крови, секса и бензина. Они колесили по городам, убивая случайных знакомых и друзей семьи, забирали деньги и отправлялись дальше.

Разумеется, так долго продолжаться не могло. К тому времени отморозков уже искали: полицейские вошли-таки в родительский дом Кэрил и увидели страшную картину. Любовников начали искать и схватили на месте совершения очередного убийства.

В отношении Чарльза все было понятно сразу: смертная казнь, и точка. Он, кажется, особо и не переживал, говоря, что “ни о чем не жалеет и по-прежнему ненавидит всех людей”.

А вот с Кэрил адвокатам пришлось крепко подумать. На момент совершения убийств ей было всего 14, и логично было представить дело так, что она была не соучастницей, а заложницей маньяка.

Но Кэрил все равно признали виновной — правда, из-за малолетства заменили электрический стул пожизненным заключением. В 1976 году убийцу освободили досрочно. Она сменила фамилию и живет тихо, отказываясь общаться с прессой. Известно, что даже спустя много лет она так и не признала вину и называла себя жертвой обстоятельств.

Любовь или?…

Так что же двигало этими парами — такими разными по возрасту, происхождению, национальности? Болезненная зависимость, патология, страсть — что угодно, но только не любовь. Настоящее чувство не кричит о себе, не раздирает сердце дикими эмоциями. Оно тихо, светло и спокойно. Оно несет добро и свет, а не разрушение себя и других.

Бонни и Клайд — саундтреки и музыка из фильма

Бонни и Клайд (Bonnie and Clyde). Их история стала нарицательной. Их жизнь получилась коротким и плохим примером для подражания. Во времена американской депрессии произошел взрыв преступности и Бонни с Клайдом были лишь одними из многих, но самыми запомнившимися. Они любили друг друга и грабили банки, а еще убивали людей. У них была своя банда. Им было хорошо вместе, несмотря на то количество боли, которое они причинили. Картина стала культовой и породила множество ремейков. История Бонни и Клайда будоражила и захватывала, она была авантюрной и кровавой. Дух и атмосферу их судеб удалось передать сполна. Это фильм сыграл главную роль в романтизации преступной истории парочки. В нем особенно ярко прослеживается их любовная история, хотя в жизни не все было так однозначно. Кино запоминающееся и динамичное. Несмотря на двойственность идеалов и моральных ценностей, все это представлено красиво и поэтично. Сложные характеры персонажей все же вызывают сопереживание. Свобода и непокорность главных героев просто поражает. А их желания не имеют границ.

Эволюционное происхождение линии сарбековируса SARS-CoV-2, ответственной за пандемию COVID-19

Перейти к основному содержанию

Поиск

Поиск

• Где угодно

Быстрый поиск где угодно

Поиск Поиск

Расширенный поиск

• Войти | регистр

Пропустить главную навигацию Закрыть меню ящика Открыть меню ящика Дом

• Подписка / продление
  • Учреждения
  • Индивидуальные подписки
  • Индивидуальные продления
• Библиотекари
  • Тарифы и полные платежи Пакет для Чикаго
  • Полный цикл и охват содержимого
  • Файлы KBART и RSS-каналы
  • Разрешения и перепечатка
  • Инициатива развивающихся стран Чикаго
  • Даты отправки и претензии
  • Часто задаваемые вопросы библиотекарей
• Агенты
  • Тарифы, заказы, и платежи
  • Полный пакет Chicago
  • Полный охват и содержание
  • Даты отправки и претензии
  • Часто задаваемые вопросы агента
• Партнеры по издательству
  • О нас
  • Публикуйте у нас
  • Недавно приобретенные журналы
  • Издательская номинальная tners
• Новости прессы
  • Подпишитесь на уведомления eTOC
  • Пресс-релизы
  • Медиа

• Книги издательства Чикагского университета
• Распределительный центр в Чикаго
• Чикагский университет

• Положения и условия
• Заявление о публикационной этике
• Уведомление о конфиденциальности
• Доступность Chicago Journals
• Доступность университета

• Следуйте за нами на facebook
• Следуйте за нами в Twitter

• Свяжитесь с нами
• Медиа и рекламные запросы
• Открытый доступ в Чикаго

• Следуйте за нами на facebook
• Следуйте за нами в Twitter

Выявление признаков, потенциально важных для фильтрации окружающей среды — Penn State

@article {213b02b8563e4dd6ac24ea4e1442f792,

title = «Признаки, среды обитания и классы: определение признаков, потенциально важных для фильтрации окружающей среды»,

abstract = «Экологическая фильтрация» фундаментальный процесс в экологической сборке сообществ.Недавно разработанные филогенетические инструменты выявляют закономерности, связанные с фильтрацией окружающей среды в целых сообществах. Здесь мы представляем новый метод, который позволяет обнаруживать признаки, участвующие в фильтрации окружающей среды видов из определенных клад в определенных типах среды обитания. Наш подход идентифицирует независимые ассоциации признака / местообитания / клады (THC), а также обеспечивает основу для выявления четко определенных двусторонних ассоциаций признака / клады, признака / среды обитания и клады / среды обитания. Метод THC основан на точных биномиальных тестах и ​​отличает ассоциации THC, возникающие в результате трехстороннего взаимодействия, от ассоциаций, возникающих в результате одного или нескольких основных значимых двусторонних взаимодействий.Он также может обнаруживать ассоциации THC, для которых нет значимых двусторонних ассоциаций (признак / среда обитания, признак / клады, клады / среда обитания). Чтобы проиллюстрировать метод THC, мы исследуем особенности опыления и распространения растений в шести типах местообитаний на фрагментированном ландшафте Коста-Рики. Результаты показывают, что эти черты не имеют большого значения для фильтрации окружающей среды большинства клад в этом ландшафте, но расселение животных и опыление насекомыми вовлечены в фильтрацию однодольных и пиперов в подлеске тропических лесов.»,

author =» Мэйфилд, {Маргарет М.} и Бони, {Мацей Ф.} и Акерли, {Дэвид Д.} «,

note =» Авторские права: Copyright 2009 Elsevier BV, Все права защищены. «,

год = «2009»,

месяц = ​​июл,

doi = «10.1086 / 599293»,

language = «English (US)»,

volume = «174»,

pages = «E1- -E22 «,

journal =» American Naturalist «,

issn =» 0003-0147 «,

publisher =» University of Chicago «,

number =» 1 «,

}

Быстрое обнаружение интер -клад рекомбинация при SARS-CoV-2 с Bolotie

Abstract

Способность обнаруживать рекомбинацию в геномах патогенов имеет решающее значение для точности филогенетического анализа и, следовательно, для прогнозирования распространения инфекционных заболеваний, а также для разработки терапии и политики общественного здравоохранения.Однако предыдущие методы обнаружения событий рекомбинации и повторной сортировки не могут удовлетворить вычислительные потребности анализа десятков тысяч геномов — сценарий, который сейчас возник в попытке отследить распространение вируса SARS-CoV-2. Кроме того, низкая дивергенция почти идентичных геномов, секвенированных за короткие периоды времени, представляет собой статистическую проблему, не решаемую доступными методами. В этой работе мы представляем Bolotie, эффективный метод, предназначенный для обнаружения событий рекомбинации и реассортации между кладами вирусных геномов.Мы применили наш метод к большой коллекции геномов SARS-CoV-2 и обнаружили сотни изолятов, вероятно, рекомбинантного происхождения. В случаях, когда были доступны необработанные данные секвенирования, мы могли исключить возможность того, что эти образцы представляли коинфекцию, путем анализа считывания базовой последовательности. Наши результаты также показывают, что несколько рекомбинантов, по-видимому, сохраняются в популяции.

Введение

С начала 2020 года пандемия COVID-19, вызванная недавно появившимся штаммом бета-коронавируса, SARS-CoV-2, на сегодняшний день стала причиной более 950 000 смертей и более 30 миллионов инфекций (Dong et al. ., 2020). Предполагается, что этот штамм возник в результате рекомбинации между летучей мышью и панголином (Zhang et al., 2020), хотя его точное происхождение еще не известно. На сегодняшний день генетическое разнообразие SARS-CoV-2 медленно увеличивается по сравнению с другими РНК-вирусами, при этом было идентифицировано от 5 до 7 основных циркулирующих клад на основе нескольких вариантов, общих для большого количества изолятов в базе данных GISAID (Hadfield et al. ., 2018; Shu & McCauley, 2017). Эта относительная стабильность генетического содержания циркулирующих форм вируса является многообещающим для разработки вакцин и терапевтических средств, а также для общего понимания биологии и патологии SARS-CoV-2.

Однако, как и в случае с другими РНК-вирусами, коронавирусы, как известно, подвержены мутациям с высокой скоростью (Drake & Holland, 1999). Рекомбинации между и внутри хозяина также хорошо изучены и происходят часто (Su et al., 2016). По мере того как в популяции фиксируется все больше мутаций и клонов SARS-CoV-2, событие рекомбинации, вызванное коинфекцией одного пациента частицами разных клад, может привести к появлению новых клонов, что создает риски для эффективности в будущем. вакцина.Фактически, в последние месяцы появилось несколько сообщений о событиях рекомбинации при SARS-CoV-2 (VanInsberghe et al., 2020; Yi, 2020). Таким образом, быстрое и последовательное наблюдение за секвенированными геномами SARS-CoV-2 как на новые мутации, так и на рекомбинации имеет решающее значение для разработки эффективных методов лечения и вакцин (Demir et al., 2020).

Для обнаружения рекомбинации в микробных геномах было разработано множество вычислительных методов, которые использовались в исследованиях мутагенеза ВИЧ-1, эволюции бактерий и других приложений (Posada, 2002).Некоторые популярные методы, такие как 3seq, анализируют все возможные триплеты набора геномов и статистически оценивают сходство скользящего окна в геноме запроса с другими последовательностями триплета (Lam et al., 2018). Другие методы, такие как PhiPack, предназначены для работы с геномами с низкой дивергенцией, но по-прежнему требуют значительного количества вариантов (1-5%) для проведения статистического анализа (Bruen et al., 2006). Ограничение этих методов для крупномасштабного наблюдения заключается в том, что алгоритмы требуют больших вычислительных ресурсов и значительных ресурсов и времени для выполнения анализа, особенно для объема данных (почти 100000 геномов на сегодняшний день), которые были сгенерированы для SARS-CoV-2. .Существует 512 триллионов уникальных триплетов последовательностей для доступных в настоящее время геномов SARS-CoV-2, и анализ сходства для каждого триплета невозможен с помощью вычислений. Необходим более эффективный подход, если мы хотим иметь возможность обнаруживать рекомбинанты за реалистичный промежуток времени.

В этой работе мы представляем Bolotie, новый алгоритм, разработанный для проведения мутационного анализа и обнаружения рекомбинантных форм и других аномалий среди очень большого набора вирусных последовательностей. Представленные методы также разработаны таким образом, что новые последовательности могут быть эффективно проанализированы без необходимости повторного запуска всего протокола.

Мы применили Bolotie для поиска событий рекомбинации в 87 695 полных геномах SARS-CoV-2, которые в настоящее время доступны в базе данных GISAID. В нашем анализе мы выявили несколько уникальных случаев рекомбинации между 4 известными кладами вируса. Некоторые из идентифицированных событий рекомбинации, в том числе некоторые из ранее описанных (VanInsberghe et al., 2020), появляются в нескольких изолятах, что свидетельствует о передаче инфекции среди населения.

Наконец, мы предлагаем методологию отличия событий истинной рекомбинации от случаев неправильной сборки изолятов от хозяина, коинфицированного несколькими различными линиями патогена.Предлагаемый метод может быть применен для проверки будущих геномов SARS-CoV-2 перед отправкой в ​​базу данных.

Результаты

Сначала мы выровняли все геномы с эталонным геномом Wuhan-Hu-1 (номер доступа в GenBank MN

7), из которого мы обнаружили 84 322 однонуклеотидных варианта (SNV) в 29 503 сайтах. После удаления всех вариантов, которые встречаются менее чем в 100 последовательностях, мы сохранили набор из 659 SNV на 411 уникальных сайтах. Сопоставления также выявили 1349 уникальных структурных вариантов (934 делеции и 415 вставок).Хотя 2 делеции и 1 вставка присутствовали в более чем 100 геномах, с целью повышения эффективности вычислений мы не рассматривали их далее.

Используя Bolotie на наборе хорошо подтвержденных вариантов для поиска событий рекомбинации между последовательностями в 4 основных кладах SARS-CoV-2, мы идентифицировали 225, возможно, рекомбинантных геномов. Рисунок 1 показывает, что многие из идентифицированных событий рекомбинации были представлены одним геномом. Однако наблюдали несколько клонов с почти идентичными последовательностями и одинаковыми сайтами контрольных точек.На рисунке 1 эти линии представлены широкими красными полосами с высокой плотностью исходящих дуг. Кроме того, наблюдали несколько меньших групп почти идентичных рекомбинантных сигнатур, в которых геномы отличались одним или двумя вариантами. Эти геномы часто оказывались соседями в деревьях вычисленного максимального правдоподобия (ML) и часто имели одинаковые или соседние предполагаемые родительские последовательности.

Рисунок 1.

Некорневая топологическая кладограмма 4 249 геномов SARS-CoV-2, включая 225 рекомбинантов, помеченных красными столбиками.Дуги связывают каждый рекомбинант с обоими предполагаемыми родительскими геномами. Цвет дуги соответствует цвету клады, к которой рекомбинант был сгруппирован в дереве. Клады соответствуют кладам GISAID GR ( 0 ), GH ( 1 ), G ( 2 ) и всем второстепенным линиям вместе взятым ( 4 ).

Из 225 рекомбинантных геномов 109 были помечены в кладе №0, 111 — в кладе №1 и 5 — в кладе №2 ( фигура 1 ). События рекомбинации произошли между членами всех 4 клад, при этом 171 родительский геном идентифицирован в кладе № 0, 41 родительский геном в кладе № 1, 148 в кладе № 2 и 90 в кладе № 3.Кроме того, 15 из 225 потенциальных рекомбинантов были обнаружены в наборе из 4039 репрезентативных геномов, используемых NextStrain (дополнительная таблица 2).

Из 225 идентифицированных рекомбинантов большинство рекомбинантных сигнатур имело 1 или 2 точки останова, подобные показанным на рис. 2A, 2B и 2C. Однако, по крайней мере, 6 геномов, включая тот, который изображен на рисунке 2D, демонстрируют более сложные паттерны мозаицизма с 3 точками разрыва.

Рисунок 2.

Четыре примера предполагаемых рекомбинантных последовательностей: A.EPI_ISL_439137; Б. EPI_ISL_468407; C. EPI_ISL_509874; Д. EPI_ISL_417420. В верхней части каждого графика показаны условные вероятности клады с учетом нуклеотида в каждом положении. Столбики нанесены для двух родительских клад, а другие клады показаны точками соответствующего цвета. Каждый пик> 0,1 выше базовой линии (0,25) помечен числом геномов, в которых он появляется. Среднее значение отображается всякий раз, когда на графике имеется несколько вариантов в непосредственной близости, с указанием количества усредненных вариантов в скобках.Три нижние панели каждого графика показывают частоту вариантов в каждой позиции для родительских клад (верхний и нижний ряды) и вариантов, наблюдаемых в рекомбинантном геноме (средний ряд).

В то время как в большинстве случаев алгоритм поиска пути Болоти полагался на варианты определения клады с высокой условной вероятностью> 0,9, некоторые позиции демонстрировали обратную картину и также были полезны в анализе. Например, на Рисунке 2B (подробно описанном в Таблице 1) мутации цитозина (C) в тимин (T) в положении 14,407 и аденина (A) в гуанин (G) в положении 23,402 не характерны для клады 1 (желтый). поскольку они имеют одинаковую условную вероятность ~ 0.33 определения клады 2 и 3. Однако эти положения информативны в обратном направлении, а именно, что наблюдение C и A в этих положениях очень маловероятно, если последовательность происходит из клады 0. Это добавляет дополнительные доказательства рекомбинантного происхождения геномы. Подобные случаи в других геномах помогли Болотию в поисках. Фактически, поскольку все 4 графика на фиг. 2 описывают рекомбинанты, которые включают кладу 0, те же условные вероятности в положении 14,407 можно наблюдать на каждой подфигуре.

Таблица 1.

Мутационная подпись рекомбинантного изолята EPI_ISL_439137 (рис. 2В). В таблице показаны все позиции с определением условных вероятностей для каждой из родительских клад. Счетчики считывания, извлеченные из данных, депонированных в EBI, представлены для иллюстрации вероятного происхождения генома из одного изолята. Позиции окрашены в соответствии с цветами клады, использованными в рукописи.

Наконец, даже несмотря на то, что большинство аномальных последовательностей, описанных Болотием, имели четкое разделение между двумя родительскими кладами, некоторые мутационные сигнатуры содержали примеси с условной вероятностью из других клад.В одном из таких примеров, показанном на фиг. 2C, в позиции 240 условная вероятность имеет более высокое сродство к синей кладе, чем другие. Подобная сигнатура может указывать на случайную мутацию, артефакты секвенирования или сборки, и Болоти разрешил родительские клады, казалось бы, экономным способом.

Артефакты секвенирования и сборки

Хотя рекомбинация широко наблюдалась внутри и между членами семейства coronaviridae, в прошлом такие наблюдения характеризовались на основе накопленных за годы вариантов в относительно небольшой коллекции геномов.Основная часть последовательностей SARS-CoV-2, хранящихся в настоящее время в GISAID и GENBANK, была собрана и секвенирована в период с марта по май 2020 года и демонстрирует очень высокую степень сходства, что в сочетании с большим количеством доступных геномов позволяет провести эволюционный анализ. очень сложно.

Еще одно осложнение состоит в том, что очевидный рекомбинантный штамм может быть результатом совместной инфекции. Предположим, что образец был взят от пациента, коинфицированного двумя разными линиями вируса, где одна линия содержит два SNV, а другая линия содержит два разных SNV в тех же положениях.Такой образец будет амплифицирован и секвенирован за одну серию. Чтения, представляющие оба аллеля, будут предоставлены ассемблеру для создания окончательного генома. В зависимости от программного обеспечения, протоколов и покрытия каждого аллеля считыванием возможно, что ассемблер произведет последовательность с одним аллелем из первой линии и другим аллелем из второй линии, создавая артефактный рекомбинант. Повторный анализ необработанных считываний секвенирования путем сопоставления их со собранным геномом должен выявить такие артефакты, поскольку считывания от пациента, совместно инфицированного несколькими кладами, выявят различные варианты на соответствующих участках.

Чтобы оценить эту гипотезу, мы получили наборы необработанных считываний секвенирования, депонированных в NCBI / SRA или ENA для некоторых рекомбинантных геномов, идентифицированных с помощью Bolotie. К сожалению, GISAID не требует от авторов предоставления необработанных данных, и лишь ограниченное число отправителей разместили свои данные в публичных архивах, таких как SRA и ENA. Таким образом, мы смогли восстановить только ограниченное количество наборов данных для нашего анализа.

Одной из последовательностей, для которых мы смогли идентифицировать необработанные считывания, был изолят EPI_ISL_439137 (рис. 2В), чтения которого были депонированы в базе данных ENA Европейского института биоинформатики.Как суммировано в Таблице 1, все позиции с высоким условным сродством к кладе имели гомогенный состав, что указывает на то, что данные не были получены от двух отдельных изолятов, а вместо этого, вероятно, это был единственный изолят, содержащий варианты от двух родительских линий.

Выполняя поиск в списке рекомбинантных геномов на предмет похожих сигнатур, мы идентифицировали другой изолят, EPI_ISL_489588, также из Шотландии, датированный неделей ранее, который содержал те же варианты. Другой изолят, EPI_ISL_510303 из Испании, имел все варианты, кроме одного (в положении 28 143), соответствующие рекомбинантной сигнатуре изолятов из Шотландии.Учитывая высокую скорость мутаций в РНК-вирусах, возможно, что в этом месте произошла независимая мутация или что эталонный аллель является артефактом сборки, однако мы не смогли найти необработанные данные, соответствующие испанскому изоляту, и не смогли продолжить исследование возможных причины отсутствующего варианта.

Производительность

Полный анализ 87 695 геномов с помощью Bolotie, включая выравнивание и построение индекса, занял в общей сложности ~ 5,5 часов с использованием 36 потоков на двух 10-ядерных процессорах Intel Xeon E5-2680 v2.Используя таблицу условной вероятности, поставляемую с программным обеспечением, анализ одного дополнительного генома занимает в среднем всего ~ 30 секунд.

Обсуждение

Метод и эксперименты, представленные в этой работе, демонстрируют, что рекомбинация произошла между четырьмя существующими основными кладами SARS-CoV-2. Хотя некоторые из предполагаемых событий, вероятно, являются гомоплазиями или могут быть отнесены к техническим артефактам, наш анализ показывает, что по крайней мере некоторые из геномов, вероятно, представляют собой истинные случаи рекомбинации.

Из 225 событий рекомбинации, идентифицированных в нашем анализе, большинство было представлено отдельными изолятами, что позволяет предположить, что событие не было установлено в популяции. Однако, поскольку две трети доступных геномов были секвенированы в период с конца марта по начало мая, возможно, что больше данных позволит выявить дополнительные рекомбинантные линии.

225 предполагаемых рекомбинантных геномов составляют менее 1% всех проанализированных последовательностей. Возможно, что намного больше аномальных геномов можно будет обнаружить, снизив порог частоты вариантов.Например, если нам требуется 50 последовательностей для подтверждения варианта, а не 100, количество информативных сайтов увеличивается более чем в два раза с 411 до 996, что, возможно, позволяет обнаруживать более редкие события, такие как те, которые связаны с небольшими появляющимися линиями внутри 4 клады. Однако из-за пониженной специфичности такой подход может потребовать более строгой ручной проверки, поскольку ожидается, что количество ложных срабатываний значительно возрастет.

В то время как в целом все события, обнаруженные Болотием, прошли ручную проверку, возможность неправильной сборки в случаях коинфекции частицами из разных клад также может объяснить присутствие нескольких вариантов, специфичных для клады, в одном геноме.Хотя нам не удалось получить необработанные данные чтения для всех рекомбинантов, наш анализ изолята EPI_ISL_439137 (рис. 2В, таблица 1) показывает, что по крайней мере в одном случае рекомбинантное происхождение генома может быть подтверждено. Несколько других рекомбинантов, идентифицированных в нашем анализе (EPI_ISL_468407, EPI_ISL_452334, EPI_ISL_475584, EPI_ISL_464547), также были ранее идентифицированы другими группами (VanInsberghe et al., 2020).

Из-за различий в подготовке библиотек, технологии секвенирования и протоколах сборки потребность в необработанных данных и независимой проверке очень высока.Мы настоятельно призываем исследователей предоставлять необработанные данные секвенирования, чтобы любые будущие исследования могли подтвердить их выводы не только при изучении событий рекомбинации, но также при изучении отдельных редких вариантов, схем передачи, распространенности клады в различных популяциях и т. Д.

Поскольку наш метод основан на в значительной степени на точности определения вариантов, мы стремились сравнить, насколько хорошо доступные филогенетические деревья согласуются с деревьями, построенными с использованием согласованных последовательностей, построенных на основе полученных нами данных выравнивания.Деревья, показанные на рисунках 3A и 3B, очень похожи, подтверждая, что консенсусные последовательности, построенные Bolotie, сохраняют важную информацию, достаточную для точного филогенетического анализа. В нашем анализе Болоти идентифицировал 15 из 4039 последовательностей в наборе последовательностей, используемых NextStrain (Hadfield et al., 2018), как рекомбинанты или как имеющие мутационные аномалии (дополнительная таблица 2). Незначительные различия между деревом NextStrain и деревом, вычисленным на основе консенсусных последовательностей Болоти, следует ожидать, поскольку в консенсусных последовательностях 200 оснований заменены эталоном как на 3 ’, так и на 5’ концах, и не включают никаких структурных вариаций.Кроме того, поскольку дерево NextStrain включает 455 изолятов, отправленных в GISAID после того, как мы загрузили наш последний набор, ожидается, что эти дополнительные последовательности также немного изменят топологию. Наконец, ожидается, что различия в версиях программного обеспечения и рандомизированных методах, присущих программному обеспечению для построения деревьев, будут давать деревья с небольшими различиями на каждой итерации.

Рис. 3.

Влияние состава последовательности на топологию филогенетической ветви SARS-CoV-2. Дерево, полученное непосредственно из NextStrain ( A ), сначала сравнивается с ( B ) деревом, вычисленным с использованием согласованных последовательностей Болоти для того же набора изолятов. (C) Показывает дерево, рассчитанное для того же набора изолятов с 210 дополнительными рекомбинантными последовательностями, идентифицированными Болоти. Узлы листьев, соответствующие рекомбинантным геномам, помечены красными точками.

С другой стороны, введение 225 рекомбинантных или иных аномальных геномов дало слегка искаженное дерево с множеством выбросов, показанное на Рисунке 3C и Рисунке 1. На обоих рисунках большинству рекомбинантных геномов была присвоена клада, отличная от не- рекомбинантные соседи по GISAID.Кроме того, Болоти идентифицировал несколько групп потенциальных рекомбинантных геномов с идентичными или очень похожими мутационными сигнатурами (рис. 1). Такие линии особенно важны для филогенетического анализа, поскольку они могут более существенно влиять на топологию деревьев. Даже незначительные изменения топологии дерева в присутствии неправильно классифицированных выбросов могут иметь неблагоприятные последствия для исследований динамики и передачи клонов патогенов в популяции (Awadalla, 2003).Это еще раз демонстрирует важность правильного обращения с аномальными последовательностями в филогенетическом анализе.

Следует также отметить, что в настоящее время существуют различные отнесения клад к геномам SARS-CoV-2 (Hadfield et al., 2018; Shu & McCauley, 2017), по крайней мере, частично из-за различий в стратегиях построения деревьев (дополнительные Таблица 1). Однако даже при том, что несоответствия в отнесении клады могут представлять проблему для Болотия, результаты все равно будут использоваться для уточнения филогенетических деревьев и, в конечном итоге, отнесения геномов к кладам.Объединение конфликтующих кладов в группы и клады меньшего размера должно повысить специфичность результатов.

Насколько нам известно, в настоящее время существует еще одна недавняя оценка рекомбинации в геномах SARS-CoV-2 (VanInsberghe et al., 2020). Несколько исследований намекали на возможность возникновения рекомбинации, но результаты были неубедительными из-за очень маленького размера выборки в то время (Yi, 2020). Болоти добавляет 221 рекомбинанта-кандидата к 5, предложенным VanInsberghe et al.При сравнении наших результатов мы сразу отметили отсутствие изолята EPI_ISL_464547, одного из 5 геномов, описанных VanInsberghe et al., В результатах Bolotie. Из 5 геномов, представленных в этом исследовании, EPI_ISL_464547 имел самую короткую длину второго сегмента. При более тщательном изучении условных вероятностей, вычисленных Болоти для этого генома, мы обнаружили, что ни один из вариантов не является определяющим кладу, а вероятность доминантной клады 0 никогда не падает ниже базовой линии 0.25, при котором все геномы равновероятны. Единственным исключением был вариант в конце последовательности, который был одинаково вероятен для клад 0, 1 и 3 с вероятностью 0,33 (дополнительный рисунок 1). Таким образом, мы пришли к выводу, что определение, сделанное Болотием, вероятно, было правильным для этого генома.

Однако возможно, что различия в разделении клад 0, 1 и 3 между нашим методом и методом, использованным VanInsberghe et al. приведет к различным условным вероятностям в этой вариантной позиции.Как показано в дополнительной таблице 1, одно такое несоответствие действительно существует между кладами 1 и 3, где классификация NextStrain добавляет 334 последовательности из клады GH в кладу G. Однако клады 0 все равно будут иметь условную вероятность в этом положении больше, чем базовая линия. В результате нам трудно дать окончательную оценку изолята EPI_ISL_464547 с учетом имеющихся в настоящее время данных.

Следует также подчеркнуть, что наша работа была сосредоточена в первую очередь на разработке высокоэффективного масштабируемого универсального метода обнаружения событий рекомбинации в вирусных геномах независимо от степени дивергенции в пуле собранных изолятов.Дополнительной целью был поиск убедительных доказательств того, что рекомбинация действительно происходит при SARS-CoV-2. Следовательно, мы установили несколько консервативных критериев, таких как оценка только 4 клад. Однако важно отметить, что рекомбинация, вероятно, происходит внутри линий одной и той же клады. Хотя это и не является целью нашего анализа, будущие исследования могут предпочесть оценку этих событий внутри клады, возможно, дающих гораздо большее количество событий рекомбинации.

Заключение

Учитывая, как недавно появился этот новый штамм коронавируса, еще многое предстоит узнать о SARS-CoV-2 и о том, как он может измениться со временем.События рекомбинации, которые могли быть ответственны за первоначальное появление SARS-CoV-2 (Zhang et al., 2020), могут оказать значительное влияние на будущую передачу и вирулентность вируса. Таким образом, наша способность своевременно обнаруживать события рекомбинации имеет решающее значение в продолжающихся усилиях по поиску решения пандемии и предотвращению дополнительных жертв.

Используя огромную коллекцию изолятов SARS-CoV-2, секвенированных тысячами исследователей по всему миру (Shu & McCauley, 2017), мы смогли разработать метод, который может надежно обнаруживать последовательности с аномальными паттернами мутаций, которые указывают на рекомбинацию. События.Используя предложенный метод, мы идентифицировали 225 рекомбинантных последовательностей с высокой вероятностью. Наши результаты показывают, что рекомбинация при SARS-CoV-2 встречается гораздо чаще, чем сообщалось ранее, и что в популяции, возможно, установились несколько рекомбинантных линий.

Мы надеемся, что представленное здесь программное обеспечение вместе с предоставленными предварительно созданными индексами поможет быстро и надежно обнаруживать будущие события рекомбинации и поможет в усилиях по отслеживанию распространения вируса SARS-CoV-2.

Методы

В этой работе мы представляем Bolotie, набор методов, которые обеспечивают быстрое выравнивание, вызов вариантов, обнаружение межкладовой рекомбинации и поиск родительской последовательности для больших наборов собранных вирусных геномов.Наш метод надежен даже при очень небольшом расхождении собранных геномов и предназначен для сверхбыстрого обнаружения аномалий. Поскольку Болоти использует индекс вероятности, который можно использовать для анализа «один против всех», выравнивания и индексы не нужно пересчитывать при оценке новых последовательностей как рекомбинантов, что значительно повышает эффективность анализа отдельных последовательностей. Наш метод разработан специально для облегчения анализа больших наборов данных последовательностей с низкой дивергенцией, заимствуя идеи из последних разработок в области множественного выравнивания последовательностей, филогенетического анализа и кластеризации последовательностей.

Данные

87 695 полных геномов с высоким охватом были получены из GISAID (Shu & McCauley, 2017) с использованием предоставленного интерфейса. Изолят эталонного генома SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 (GenBank, номер доступа MN

7) был получен от NCBI и использовался для управления выравниванием, вызовом вариантов и генерацией согласованной последовательности в протоколе.

Назначения Clade для 87 695 доступных геномов были также получены от GISAID (Shu & McCauley, 2017). Линии S, L, V и O были сгруппированы вместе, как и в NextStrain (Hadfield et al., 2018), и на основе близких расстояний, наблюдаемых в нашем независимом филогенетическом анализе (Рисунок 3). Сопоставления между идентификаторами клад в нашем анализе, определенными GISAID и определенными NextStrain, представлены в дополнительной таблице 1.

Для проверки геномов на возможность того, что предполагаемые рекомбинантные изоляты могут представлять собой коинфекцию с двумя или более различными SARS -CoV-2, мы провели поиск в базе данных SRA необработанных считанных данных, используя все уникальные идентификаторы GISAID, а также идентификаторы, назначенные лабораторией, извлеченные из заголовков последовательностей.

Bolotie — Вычисление выравнивания

Метод глобального выравнивания по эталону с использованием реализации из библиотеки KSW2 (Li, 2018; Suzuki & Kasahara, 2018) был разработан для облегчения эффективного и параллельного выравнивания и вызова вариантов для каждой последовательности запроса. Поскольку расхождение последовательностей в коллекции геномов SARS-CoV-2 очень низкое, подход на основе ссылок, используемый вместо обычного множественного выравнивания последовательностей, 1) значительно быстрее, 2) позволяет просто добавлять новые последовательности и 3) не позволяет вызывают взрывы в промежутках на 3 ‘и 5’ концах вирусных геномов.Выравнивание выполняли с оценочной матрицей DNAFULL, штрафом за пробел 12 и штрафом за удлинение пробела 4.

Bolotie — Вычисление согласованных последовательностей

После этапа попарного выравнивания мы конструируем для каждого генома во входном наборе согласованную последовательность путем замены референсные аллели генома для высокочастотных вариантов, вызываемых выравнивателем. Этот подход не только позволяет нам фильтровать варианты, используемые для поиска рекомбинантов, но также создает набор геномов со стандартизованным набором координат, который можно использовать в качестве множественного выравнивания последовательностей (MSA) для филогенетического анализа.

Поскольку 3 ‘и 5’ концы вирусных геномов, как известно, сложно правильно собрать, мы решили заставить первые и последние 200 оснований в согласованной последовательности каждого генома быть идентичными эталонному геному в соответствии с предыдущими исследованиями ( VanInsberghe et al., 2020), независимо от того, были ли обнаружены SNV путем выравнивания в этих регионах или нет.

Далее, поскольку Bolotie разработан для работы с геномами с очень небольшим количеством вариантов, он особенно чувствителен к неоднозначным нуклеотидам.Чтобы избежать смещения, вызванного неназванными основаниями, любые такие экземпляры обрабатывались как неизвестные основания (N). Кроме того, чтобы избежать смещения в наших прогнозах для всех последовательностей в наборе данных, мы заменяем нуклеотиды в позиции низкочастотных вариантов эталонным аллелем, что делает такие положения равновероятными для любой клады (нейтральной клады). Мы определяем низкочастотный SNV как тот, который имеет менее 100 последовательностей генома, которые отличаются от эталонной последовательности в этом положении.

Поскольку мы не использовали структурные варианты при построении консенсусных последовательностей, окончательная коллекция отфильтрованных геномов представляет собой множественное выравнивание последовательностей (MSA).Это не только позволяет нам использовать его непосредственно для филогенетического анализа, но также позволяет нам на следующих этапах легко подсчитывать SNV по последовательностям и кладам или эффективно вычислять расстояния между последовательностями.

Bolotie — Идентификация рекомбинантов

На основе предоставленной информации о кладе для каждой последовательности создается модель для оценки каждой последовательности как потенциальной рекомбинантной. Из MSA вычисляется условная вероятность для каждого положения нуклеотида; то есть вероятность того, что эта позиция принадлежит кладе C _i с учетом нуклеотида b.Однако, чтобы учесть различия в размерах клады, мы умножаем количество оснований в каждой позиции для каждой клады на обратное число последовательностей в этой кладе. Алгоритм также гарантирует, что любому неоднозначному символу присваивается нейтральная условная вероятность. Для каждой позиции в MSA теперь у нас есть нормализованные условные вероятности того, что эта базовая позиция принадлежит определенной кладе с учетом базы, наблюдаемой в консенсусной последовательности.

Пусть C = {c ₁ , c ₂ ,…, c _k } ​​будут кладами (в этой статье: k = 4) с c _i ∈ C.Мы определяем два набора оснований B ₄ = {A, C, G, T} и B ₁₆ , которые все являются символами IUPAC. n _{ci, b} обозначает количество последовательностей в кладе c _i , которые имеют основание b ∈ B ₄ в интересующей позиции. Теперь взвешенная условная вероятность Pr (c _i | b) последовательности, принадлежащей кладе c _i , при наблюдаемом основании b ∈ B ₁₆ в определенной позиции определяется как:

Теперь мы определяем для каждой последовательности, может ли она быть рекомбинантной.Поэтому мы присваиваем каждой базе наиболее вероятную кладу. Во избежание частого переключения клад или предрасположенности к незначительным различиям в вероятностях одного нуклеотида, переключение между кладами с одного нуклеотида на другой строго наказывается (реализуется с вероятностью перехода 0,0001). Умножая вероятности вдоль пути, можно определить путь с наибольшей вероятностью. Это можно смоделировать как HMM и решить с помощью алгоритма Витерби в O (nc ² ), где n — длина последовательности, а c — количество кластеров.

В каждой позиции MSA каждое состояние представляет одну кладу с условными вероятностями для каждых четырех оснований. Затем алгоритм Витерби находит путь с наибольшей вероятностью, учитывая последовательность изолята. Модель идентична для каждого изолята и зависит только от MSA. На рисунке 4 показан подход, но только иллюстрируется условная вероятность наблюдаемой базы последовательности в каждом состоянии.

Рисунок 4.

Максимальная условная вероятность для каждого нуклеотида выделена серым цветом, а путь с максимальной вероятностью выделен жирным шрифтом.За счет штрафов за переключение кладов избегаются незначительные различия в вероятностях между кладами, а также короткие окна, представляющие переключение на другую кладу. Для наглядности переходы между узлами на неоптимальных путях обозначены серым цветом без обозначенных вероятностей.

Этот метод не может определить точное местоположение точки останова для рекомбинанта, потому что он полагается на дискретные различия SNV между кладами; таким образом, он может только сузить точку разрыва до области между двумя специфическими для клады SNV.

Bolotie — поиск ближайших родительских геномов

Предыдущие методы обнаружения рекомбинации исследуют триплеты последовательностей для обнаружения потенциального рекомбинантного генома и его родителей. В отличие от таких методов, наш алгоритм полагается на условные вероятности, вычисленные для кладов — стратегия, которая обеспечивает дополнительную статистическую мощность, а также снижает сложность проблемы.

Для идентификации потенциальных родителей рекомбинантных последовательностей мы реализовали специальный метод.Для каждого рекомбинированного сегмента последовательности, как это определено нашим алгоритмом, мы вычисляем матрицу расстояний Кимуры (Kimura, 1980) до других последовательностей в кладе соответствующего сегмента. Расстояние Кимуры — это показатель расстояния, который оценивает переходы (A <-> G и C <-> T) иначе, чем трансверсии (замена пурина на пиримидиновые основания). Для большей «точности» мы также включаем низкочастотные SNV, которыми мы пренебрегли на предыдущем шаге, в согласованные последовательности. Все последовательности с наименьшей оценкой расстояния указываются как наиболее вероятные родители, которые внесли сегмент в событие рекомбинации.

Bolotie — Исходный код и доступность данных

Основной метод реализован на C ++ и основан на библиотеках SeqAn (Reinert et al., 2017) и KSW2 (Li, 2018), построение дерева выполняется IQ-TREE ( Минь и др., 2020). Код и данные тестирования доступны для загрузки на GitHub: github.com/salzberg-lab/bolotie. Индекс SARS-CoV-2, построенный с использованием геномов в нашем анализе, также доступен для загрузки по адресу ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/bolotie_sars_cov_2/.

В репозитории GitHub предоставляется сценарий оболочки для выполнения всех шагов протокола.Этот сценарий, хотя и удобен, предназначен для воспроизведения и тестирования, и в нем отсутствуют некоторые из доступных функций Bolotie.

Bolotie — Настройка параметров

Наш алгоритм поиска пути во многом вдохновлен алгоритмом Витерби для поиска наиболее вероятного пути через последовательность состояний в скрытой марковской модели (HMM). Точно так же алгоритм требует установки вероятности перехода между состояниями, которые в нашем случае являются кладами. Хотя обычно оценка этой вероятности перехода выполняется во время обучения, скудных описаний рекомбинации в SARS-CoV-2 было недостаточно для такого обучения (VanInsberghe et al., 2020; Йи, 2020). Насколько нам известно, только одно исследование рассматривало достаточно большой набор геномов, сообщая о 5 потенциальных событиях рекомбинации (VanInsberghe et al., 2020). По этой причине вместо определения вероятности перехода путем обучения модели мы решили вручную проверить результаты нескольких пороговых значений и вручную настроить параметры.

Однако в идеале, когда накоплено достаточно данных и проверено больше событий, может быть доступен достаточный обучающий набор, и порог может быть определен автоматически.Наш метод также применим к исследованиям других организмов, таких как грипп, где данные более распространены, а параметры могут быть настроены с большей точностью.

Исследование данных секвенирования

Чтобы проверить наших кандидатов на рекомбинацию на наличие признаков коинфекции, мы сопоставили доступные считывания с Bowtie2 (Langmead & Salzberg, 2012) с эталонным геномом Wuhan-Hu-1, используя «- очень чувствительный- local »и другие параметры по умолчанию. Сопоставления были дополнительно отсортированы и проиндексированы с помощью samtools (Li et al., 2009). Подсчеты для отдельных нуклеотидов были получены с использованием программного обеспечения bam-readcount (https://github.com/genome/bam-readcount), а положения с высокой условной вероятностью были извлечены и суммированы.

Филогенетический анализ

Чтобы проверить, насколько хорошо информация сохраняется в наших согласованных последовательностях, мы получили предварительно вычисленное дерево из NextStrain (Hadfield et al., 2018), которое содержало в общей сложности 4494 репрезентативных генома, выбранных NextStrain. Только 4039 геномов из дерева NextStrain были доступны в GISAID в то время, когда мы получали сборки генома для нашего анализа.

Во-первых, мы заново построили дерево, используя набор из 4039 геномов, используя общую модель с обратимым временем, используемую платформой NextStrain, и позволяя IQ-TREE (Minh et al., 2020) автоматически выбирать точную модель. Тот же подход был использован для построения филогенетического дерева, которое включало все идентифицированные аномальные последовательности.

Визуализации

Визуализации филогенетических деревьев были созданы с использованием пользовательских скриптов, реализованных на Python и R. Кладограммы, показанные на рисунке 3, были построены на R с использованием пакета «ape» (Paradis et al., 2004). Топологическое круговое дерево на рисунке 1 было создано на Python с использованием пакета «ETE3» (Huerta-Cepas et al., 2016) с применением специального патча для рисования дуг между листовыми узлами.

Финансирование

Эта работа была частично поддержана Fast Grants (часть Emergent Ventures в Университете Джорджа Мейсона) и Национальными институтами здравоохранения США [гранты R01-AI141009 и R35-GM130151].

Заявление о раскрытии информации

Авторы не заявляют о конфликте интересов.

Благодарности

Мы хотели бы поблагодарить доктора Мартина Стейнеггера за полезные обсуждения алгоритмов кластеризации большой коллекции вирусных геномов.

Данные о дриадах — Раннее филогенетическое расхождение гинодиодозных видов гарантирует распознавание подсерий в серии Styrax Valvatae

Комбинированный набор данных ITS и пластид с 8 исключенными образцами

Это файл связи с командами парсимонии и комбинированный ядерный ITS ( сайты 1-695) плюс объединенный набор пластидных данных из 6810 положений.Последний включает trnL-trnF (696-1694), ndhF-rpl32-trnL (1695-3833, разделенный на ndhF (1695-2682) и rpl32-trnL (2683-3833)), trnV-ndhC (3834-5217, с начальная вариабельная область, обозначенная как 3834-3934), и trnS-trnG (5218-6810). Набор данных включает 30 образцов из 38, участвовавших в исследовании; 8 исключены из-за топологического конфликта между результатами NRITS и пластид.

comb_excluding_8_Pars.nex

»
],
«url»: «http://datadryad.org/stash/dataset/doi%253A10.5061%252Fdryad.7jq75 «,
«идентификатор»: «https://doi.org/10.5061/dryad.7jq75»,
«версия»: 1,
«isAccessibleForFree»: правда,
«ключевые слова»: [
«Styracaceae»,
«пластидная ДНК»,
«Гинодиэзия»,
«филогенетическое несоответствие»,
«ИТС регион», г.
«Стиракс»
],
«создатель»: [
{
«@type»: «Человек»,
«name»: «Питер В. Фрич»,
«givenName»: «Питер В.»,
«familyName»: «Fritsch»
},
{
«@type»: «Человек»,
«name»: «Бони К. Круз»,
«givenName»: «Бони К.»,
«familyName»: «Круз»
},
{
«@type»: «Человек»,
«name»: «W.Брайан Симисон «,
«givenName»: «В. Брайан»,
«familyName»: «Simison»
},
{
«@type»: «Человек»,
«name»: «Александра Дж. Кэмпбелл»,
«givenName»: «Александра Дж.»,
«familyName»: «Кэмпбелл»
},
{
«@type»: «Человек»,
«name»: «Дженнифер К. Харрис»,
«givenName»: «Дженнифер К.»,
«familyName»: «Харрис»
}
],
«распределение»: {
«@type»: «DataDownload»,
«encodingFormat»: «приложение / zip»,
«contentUrl»: «http://datadryad.org/api/v2/datasets/doi%253A10.5061% 252Fdryad.7jq75 / download »
},
«temporalCoverage»: [
«2016»,
«2016-10-22T00: 00: 00Z»
],
«spaceCoverage»: «Neotropics»,
«цитата»: «http://doi.org/10.1600/036364415X6

«,
«лицензия»: {
«@type»: «CreativeWork»,
«name»: «CC0 1.0 Универсальное (CC0 1.0) Посвящение в общественное достояние»,
«лицензия»: «https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/»
},
«publisher»: {
«@id»: «https://datadryad.org»,
«@type»: «Организация»,
«legalName»: «Цифровой репозиторий Dryad»,
«name»: «Дриада»,
«url»: «https: // datadryad.org »
},
«provider»: {
«@id»: «https://datadryad.org»
}
}

Данные из: Ранняя филогенетическая дивергенция гинодиетических видов гарантирует признание подсерии в серии Styrax Valvatae

Цитата

Fritsch, Peter W. et al. (2016), Данные из: Ранняя филогенетическая дивергенция гинодиомных видов гарантирует признание подсерии в серии Styrax Valvatae, Dryad, Dataset, https://doi.org/10.5061/dryad.7jq75

Аннотация

У стиракса (Ericales: Styracaceae) гинодиэзия известна или, вероятно, у десяти видов.Предыдущий морфологический анализ рода поместил эти виды в одну высокопроизводительную кладу внутри S. series Valvatae. Напротив, данные последовательности ДНК из области внутреннего транскрибируемого спейсера ядерных рибосом (ITS) дали две отдельные гинодиодозные клады в пределах серии: одна (южноамериканские виды) является сестрой остальной части S. series Valvatae, другая (только S. obtusifolius). ; Куба) как филогенетически вложенные в кладу видов, в остальном гермафродитов. Здесь мы проверяем эти контрастирующие филогенетические размещения с помощью анализов, которые включают генные области пластид ndhF-rpl32-trnL, trnL-trnF, trnS-trnG и trnV-ndhC в дополнение к ITS.Результаты убедительно подтверждают филогенетические позиции двух гинодиодозных клад, основанные только на данных ITS. Clade-специфическое филогенетическое несоответствие ITS-пластид свидетельствует о гибридизации и предлагает паттерн ретикулярной эволюции среди некоторых южных бразильских видов этой серии. Наши результаты согласуются с предшествующими доказательствами конвергентной эволюции среди гинодомных видов, связанных с сокращением цветков. Основываясь на наших результатах и ​​давнем прецеденте, мы повторно присваиваем формальное таксономическое признание южноамериканской гинодобной кладе, разделив S.серию Valvatae на две новые подсерии: подсерии Styrax Latifoli и Foveolaria.

Примечания по использованию

ITS плюс комбинированный набор данных пластид со всеми включенными образцами

Это файл нексуса (6817 позиций) с командами экономии комбинированного ядерного ITS (позиции 1-699) и набора пластидных данных. Последний включает trnL-trnF (700-1698), ndhF-rpl32-trnL (1699-2687, разделенный на ndhF (1699-2687) и rpl32-trnL (2688-3838)), trnV-ndhC (3839-5222, с вариабельная область в 3839-3939) и trnS-trnG (5223-6817).Набор данных включает все 38 образцов, включенных в исследование.

comb_all_Pars.nex

Объединенный набор данных ITS и пластид с 8 исключенными образцами

Это файл нексуса с командами экономии и объединенный ядерный ITS (сайты 1-695) плюс объединенный набор данных пластид из 6810 позиций. Последний включает trnL-trnF (696-1694), ndhF-rpl32-trnL (1695-3833, разделенный на ndhF (1695-2682) и rpl32-trnL (2683-3833)), trnV-ndhC (3834-5217, с начальная вариабельная область, обозначенная как 3834-3934), и trnS-trnG (5218-6810).Набор данных включает 30 образцов из 38, участвовавших в исследовании; 8 исключены из-за топологического конфликта между результатами NRITS и пластид.

comb_excluding_8_Pars.nex

Расположение

Обнаружение и полногеномная характеристика двух бета-вирусов CoV, связанных с респираторным синдромом Ближнего Востока, от летучих мышей в Италии

TY — JOUR

T1 — Обнаружение и полногеномная характеристика двух бета-вирусов CoV, связанных с респираторным синдромом на Ближнем Востоке, от летучих мышей в Италии

AU — Moreno, Ana

AU — Lelli, Davide

AU — De Sabato, Luca

AU — Zaccaria, Guendalina

AU — Boni, Arianna

AU — Sozziice 9 Enrica

AU — Lavazza, Antonio

AU — Cella, Eleonora

AU — Castrucci, Maria Rita

AU — Cicozzi, Massimo

AU — Vaccari, Gabriele

Y0008 — 2017/12/19

PY — 2017/12/19 / 12/19

N2 — Предпосылки: Коронавирус ближневосточного респираторного синдрома (БВРС-КоВ), который принадлежит к бета-группе коронавирусов, может инфицировать несколько видов хозяев и вызывать тяжелые заболевания у людей.Многочисленные наблюдения и филогенетические исследования предполагают происхождение от летучих мышей. В этом исследовании мы описываем обнаружение и полную характеристику генома двух CoV, тесно связанных с MERS-CoV, у двух итальянских летучих мышей, Pipistrellus kuhlii и Hypsugo savii. Методы: пул внутренних органов исследовали с помощью панкоронавирусной ОТ-ПЦР. Выделение вируса было предпринято путем инокуляции в различные клеточные линии. Полное секвенирование генома было выполнено с использованием платформы Ion Torrent, а филогенетические деревья были выполнены с использованием программного обеспечения IQtree.Графики сходства геномов CoV clade c были созданы с использованием SSE v1.2. Трехмерная макромолекулярная структура (3DMMS) рецепторсвязывающего домена (RBD) в S-белке была предсказана методом гомологии последовательностей с использованием банка данных белков (PDB). Результаты: Оба образца дали положительный результат на пан-коронавирусную ОТ-ПЦР (IT-batCoVs), и их геномная организация показала идентичный образец MERS CoV. Филогенетический анализ показал, что монофилетическая группа, помещенная в кладу Beta2c, образована последовательностями MERS-CoV, происходящими от человека и верблюдов, и связанными с летучими мышами последовательностями из Африки, Италии и Китая.Сравнение вторичного и 3DMMS RBD IT-batCoV с последовательностями bat MERS, HKU4 и HKU5 показало две делеции аа, расположенные в области, соответствующей внешнему субдомену MERS-RBD в IT-batCoV и HKU5 RBD. Выводы: в этом исследовании сообщалось о двух бета-CoV, тесно связанных с MERS, которые были получены от двух летучих мышей, принадлежащих к двум обычно регистрируемым видам в Италии (P. kuhlii и H. savii). Анализ RBD показал сходную структуру в IT-batCoVs и HKU5 в отношении последовательностей HKU4.Поскольку домен RBD HKU4, но не HKU5, может связываться с человеческим рецептором DPP4 для MERS-CoV, можно также предположить для IT-batCoV отсутствие потенциала связывания DPP4. Необходимы дополнительные надзорные исследования, чтобы лучше изучить потенциальных промежуточных хозяев, которые могут играть роль в межвидовой передаче известных и неизвестных в настоящее время коронавирусов, с особым вниманием к белку S, специфичности рецептора и сродству связывания.

AB — Предпосылки: коронавирус ближневосточного респираторного синдрома (БВРС-КоВ), который принадлежит к бета-группе коронавирусов, может инфицировать несколько видов хозяев и вызывать тяжелые заболевания у людей.Многочисленные наблюдения и филогенетические исследования предполагают происхождение от летучих мышей. В этом исследовании мы описываем обнаружение и полную характеристику генома двух CoV, тесно связанных с MERS-CoV, у двух итальянских летучих мышей, Pipistrellus kuhlii и Hypsugo savii. Методы: пул внутренних органов исследовали с помощью панкоронавирусной ОТ-ПЦР. Выделение вируса было предпринято путем инокуляции в различные клеточные линии. Полное секвенирование генома было выполнено с использованием платформы Ion Torrent, а филогенетические деревья были выполнены с использованием программного обеспечения IQtree.Графики сходства геномов CoV clade c были созданы с использованием SSE v1.2. Трехмерная макромолекулярная структура (3DMMS) рецепторсвязывающего домена (RBD) в S-белке была предсказана методом гомологии последовательностей с использованием банка данных белков (PDB). Результаты: Оба образца дали положительный результат на пан-коронавирусную ОТ-ПЦР (IT-batCoVs), и их геномная организация показала идентичный образец MERS CoV. Филогенетический анализ показал, что монофилетическая группа, помещенная в кладу Beta2c, образована последовательностями MERS-CoV, происходящими от человека и верблюдов, и связанными с летучими мышами последовательностями из Африки, Италии и Китая.Сравнение вторичного и 3DMMS RBD IT-batCoV с последовательностями bat MERS, HKU4 и HKU5 показало две делеции аа, расположенные в области, соответствующей внешнему субдомену MERS-RBD в IT-batCoV и HKU5 RBD. Выводы: в этом исследовании сообщалось о двух бета-CoV, тесно связанных с MERS, которые были получены от двух летучих мышей, принадлежащих к двум обычно регистрируемым видам в Италии (P. kuhlii и H. savii). Анализ RBD показал сходную структуру в IT-batCoVs и HKU5 в отношении последовательностей HKU4.Поскольку домен RBD HKU4, но не HKU5, может связываться с человеческим рецептором DPP4 для MERS-CoV, можно также предположить для IT-batCoV отсутствие потенциала связывания DPP4. Необходимы дополнительные надзорные исследования, чтобы лучше изучить потенциальных промежуточных хозяев, которые могут играть роль в межвидовой передаче известных и неизвестных в настоящее время коронавирусов, с особым вниманием к белку S, специфичности рецептора и сродству связывания.

UR — http://www.scopus.com/inward/record.url? scp = 85038415376 & partnerID = 8YFLogxK

U2 — 10.1186 / s12985-017-0907-1

DO — 10.1186 / s12985-017-0907-1

M3 — Article

VL — 14

9000 Journal

JF — Журнал вирусологии

IS — 1

ER —

Сравнительная геномика неинтрогрессированных Campylobacter coli кладов 2 и 3 | BMC Genomics