Полнометражный мультипликационный фильм «Пингвины Мадагаскара» продолжает рассказывать о необыкновенных приключениях четверых пингвинов, боевым навыкам которых может позавидовать абсолютно каждый. Очередной злобный гений замыслил уничтожить всех пингвинов мира, однако выдающаяся команда намерена помешать ему.

Великолепная четвёрка боевых пингвинов в очередной раз готова доказать, что на их пути нет ничего невозможного, а потому они и решаются на устранение возникшей опасности. Их гениальные планы работают, однако вскоре возникают непредвиденные ситуации, которые лишь на первый взгляд могут показаться небольшим проблемами, хотя в действительности опасность уже подкралась практически вплотную.