В новом сезоне сериала "12 обезьян" продолжается история выживания людей на "новой" Земле, где все живое было уничтожено опасным вирусом. Вакцину так и не удалось получить, а те кто выжили, вынуждены постоянно прятаться под землей, ведь природные ресурсы использовать больше нельзя. Джеймс Коул - посланник в прошлое, но кроме того, он преступник, получивший шанс на освобождение. Мужчине нужно ликвидировать в прошлом лидера, который создал вирус и распространил по континентам.