После событий произошедшей в первой части фильма, сюжет кинокартины «История дельфина 2» продолжает развиваться в подобном направлении. Старая самка дельфина уже умерла, и молодой самке по имени Уинтер предстоит согласно всем законам США либо отправиться в специальное учреждение, либо быть жестоко убитой.

Для того, чтобы попробовать спасти ситуацию, команда из морского госпиталя пытается найти самке-одиночке нового партнёра, что в конечном итоге должно спасти её. К сожалению, бюрократия прекрасно развитая в США будет всячески мешать поставленным планам, однако смелые люди готовы довести свои планы до конца, не жалея ни своей карьеры, ни своих жизней. Времени мало, и шансы найти самке дельфина пару падают с каждым днём.