Сюжет фантастического фильма «Матрица: Перезагрузка» продолжает легендарную трилогию, рассказывая зрителю о том, что борьба реального человечества с миром виртуальным продолжается, и теперь, когда Нео раскрыл свои способности, перевес может быть на стороне людей, а не программ.

Нео, Морфиус и Тринити продолжают борьбу за человеческое выживание, однако теперь у них появились гораздо большие проблемы, так как новые враги также жаждут их смерти. Помимо всего прочего, Команде придётся сразиться с компьютерными вирусами, которые случайно попали в матрицу и привели к непоправимым последствиям, устранить которые можно только имея огромную волю к этому. Справятся ли герои в этот раз или же этот будет просто жалкая попутка?