Фильм повествует о том, как появились мутанты, и кем раньше были Магнито и профессор Икс. К тому же, вы узнаете историю создания тайной школы для юных мутантов.
Оказывается, ранее Эрик и Ксавье имели тесные дружеские отношения. Но по иронии судьбы, став мутантами, они превратились в бескомпромиссных врагов, готовых противодействовать друг другу во всем и везде.
Но придет время, и люди икс вынуждены будут объединить свои усилия, чтобы дать отпор смертоносной опасности, нависшей над миром. Придется сомкнуть свои ряды и мутантам: и только начавшим обучение в первом классе, и более опытным.