Каждый город, независимо от статуса и размеров нуждается в своих собственных героях, и Нью-Йорк не стал исключением. Несмотря на то, что самая настоящая напасть повисла над городом – негодяй Шредер держит под контролем практически всё, однако вскоре его зловещие планы будут разрушены, потому что в городе появляются новые герои – Черепашки-ниндзя. Новые необычные герои работают с журналисткой с местного новостного канала, и главной их целью является не только раскрытие всех планов главного преступника, которого покрывает даже полиция, но и предание его правосудию. Отважная четвёрка решает искоренить зло и вернуть Нью-Йорку его порядок, что, впрочем, будет сделать весьма сложно.