Сюжет фильма "Свободный штат Джонса" переносит зрителя во времена гражданской войны в США. Бедный фермер Ньютон Найт, который проживает в Миссисипи, вместе со своим сыном сражаются на стороне армии Конфедерации. Однажды случается горе, и в одном из боев погибает его сын. Ньютон принимает решение больше не сражаться за южан, которые только набивают себе карманы ценой жизней простых фермеров. Герой дезертирует и решает собрать единомышленников, чтобы направить оружие в противоположную сторону. Ньютону удается собрать отряд не только из простых фермеров, но и рабов, которые сбежали от хозяев. Сам же главный герой встречает и свою любовь - афроамериканку Рейчел...